耐腐蝕泵的運行故障分為腐蝕和磨損、性能故障、軸密封故障和機械故障4種，這4種故障往往相互影響離。葉輪的腐蝕和磨損會引起性能故障和機械故障，軸密封的磨損也會引起性能故障和機械故障。因此，在運行中發現故障并處理，大幅度提高耐腐蝕泵的壽命和效率。
第一，腐蝕和磨損。
腐蝕的主要原因是材料選擇不當，腐蝕故障應從介質和材料兩個方面解決。
磨損經常發生在輸送漿液時，主要原因是介質中含有固體顆粒。對于輸送漿液的化學泵，除了離心泵的過流部件應采用耐腐蝕耐磨材料外，軸封應選擇合適的型號。機械密封、填料密封等接觸密封應采用清洗液沖洗，避免雜質侵入，應在泵內采用沖洗設施，避免流道堵塞。此外，對于易損件，磨損一定時應及時更換。
第二，性能故障。
主要指流量、揚程不足、泵汽蝕、電機超載等事故。
第三，軸封故障。
主要指密封部位泄漏。填料密封泄漏的主要原因是填料選擇不當和軸套磨損。機械密封泄漏的主要原因是端面損壞或輔助密封圈劃傷、起皺或損壞，應及時修理和更換。
第四，機械故障。
振動和噪音是主要的機械故障。振動的主要原因是軸承損壞、氣蝕或組裝不良，如泵軸與電機軸不同心、基礎剛度不足或基礎下沉等。